As capitanias hereditárias ilustravam de forma cabal a inviabilidade da colonização com base no capital particular, embora tenha lançadas as bases da ocupação efetiva na terra. De acordo com Sérgio Buarque de Holanda a expedição de Martim Afonso de Souza foi o marco do surgimento das capitanias hereditárias no Brasil. Qunado aqui chegou, a expedição dividiu-se em duas: uma em direção ao norte, até o Maranhão, e outra, ao sul, até o rio da Prata, onde fundou-se a capitania de São Vicente.
Os donatários eram os que recebiam as terras, tinham direito a nomeação de juízes e autoridades administrativas, além do recebimento de taxas e distribuição de terras, e como deveres, todas as despesas de transporte, ajuda aos povoadores, sobretudo, defender a terra da ameaça externa. Esse regime fracassou, comprometendo a primeira iniciativa de colonização, tendo alguns fatores como ataques indigenas constantes, desinteresse dos donatários e os altos custos para a efetivação da posse, sacramentaram o insucesso da empreitada portuguesa. A esses casos excetuaram-se as capitanias de Pernambuco, por Duarte Coelho e São Vicente, sob a administração de Martim Afonso de Souza, que montaram um esquema produtivo baseado em fortuna própia com ajuda financeira de grupos mercantis extrangeiros. Nesse ínterim a cultura da cana-de-açúcar iniciou a passagem da circulação para a produção de mercadorias lucrativas no mercado externo, embora tenha iniciado com as capitanias hereditárias, particulamente em Pernambuco, o sucesso do empreendimento da metrópole alterou o rumo da política colonial.
A criação do Governo-Geral em 1548 e a posterior implantação em 1559 demonstrava esta mudança de rumo, a ele competia, entre outras obrigações, coordenar a defesa da terra contra ataques externos, instalar e refazer fortes, construir navios, armar colonos e etc. Contudo, com objetivo de auxiliar o Governador-Geral, foram criados três novos cargos: o Provedor-Mor da Real Fazenda, tesoureiro encarregado de organizar os impostos e prover cargos, o Ouvidor-Mor, a maior autoridade jurídica e o Capitão-Mor da Costa, militar responsável pela defesa da terra. Observe que esses representante da Coroa diminuiram o poder dos donatários.
Tomé de Souza foi o primeiro Governador-Geral, que entre 1549 a 1553 fundou a primeira capital do Brasil, Salvador. Com ele vieram os primeiros Jesuítas chefiados por Manoel da Nóbrega, com objetivo de organizar as bases da Companhia de Jesus. Detalhe, algumas capitanias relutaram em acatar a autoridade do Governador-Geral, foi o caso de Duarte Coelho em Pernambuco que se ressentiu da intromissão de Tomé de Souza. Recusando o controle do Governador-Geral, apelou ao Rei, que o fortaleceu conservando sua autonomia. Esse caso mostrou a posição incômoda da metrópole em tolher os esforços de Pernambuco, já que suas realizações estavam dentro dos propósitos mercantis da Coroa.
Duarte da Costa foi o segundo Governador-Geral, que nos anos de 1553 a 1558 enfrentou conflitos entre colonos e jesuítas, em virtude do consentimento do governo em sujeitar os indígenas ao trabalho forçado. Também marcou sua gestão o fato da instalação dos franceses no Rio de Janeiro e Sergipe, haja vista que problemas internos na França colaboraram para a formação de um núcleo colonial no Brasil, a França Antártica. Chefiados por Villegaignon, protegidos militarmente por Gaspar de Colligny e com assentimento de Henrique II, os franceses instalaram-se na baía da Guanabara.
Mem de Sá, o terceiro Governador-Geral, entre 1558 e 1568, conseguiu diminuir os conflitos e em 1560 iniciou a luta contra os invasores franceses, que contavam com o apoio dos índios tamoios. Doou a seu sobrinho Estácio de Sá a Capitania do Rio de Janeiro, onde fundou a cidade de São Sebastião do Rio de Janeiro. Os jesuítas Nóbrega e Anchieta pacificaram os tamoios, fazendo com que retirassem seu apoio aos franceses, quando os portugueses, contando com o apoio dos índios chefiados por Araribóia, venceram definitivamente os invasores.
Nessa época a preocupação fundamental da Coroa era a conquista do norte e a manutenção do sul. Após a saída de Mem de Sá, D. Luiz Fernandes de Vasconcelos foi nomeado Governador-Geral da colônia, entretanto, em 1572 a Coroa dividiu a colônia em dois governos, o governo do norte, e o do sul, tendo como capitais, respectivamente, a Bahia e o Rio de Janeiro. Não durou muito, pois a Coroa decidiu unir novamente os dois governos e nomeou Lourenço da Veiga Governador entre 1578 a 1580. Nesse mesmo ano outro fato marcante para o rumo da história portuguesa foi a União Ibérica.
